Ο Παναθηναϊκός έχει γράψει τη δική του ιστορία στο futsal στα τμήματα υποδομών αγοριών ενώ και οι άνδρες έχουν κάποια καλά πλασαρίσματα.
Κ16-Παίδες.
| Σύλλογος | Τίτλοι | Χρονιές |
| Σ.Φ.Α. Αθήνα ’90 | 6 | 2003, 2006, 2007, 2011, 2012, 2018 |
| Ηνίοχος | 6 | 2009, 2010, 2013, 2014, 2015, 2016 |
| Α.Σ.Ε. Δούκα | 3 | 1999, 2019, 2020 |
| Ερμής Ζωγράφου | 3 | 2017, 2021, 2023 |
| Παναθηναϊκός Α.Ο. | 2 ΚΑΙ 1 Κύπελλο | 1998, 2024-2026 |
| Χαλκίνεος Χαλκίδας | 1 | 2000 |
| Ζάκυνθος | 1 | 2001 |
| Ο.Φ. Ερμής Κορυδαλλού | 1 | 2002 |
| Ελπίδα Τρίπολης | 1 | 2004 |
| Άρης Βύρωνα | 1 | 2008 |
| Νέο Ικόνιο Α.Ο. Σάλας | 1 | 2022 |
* Η Κ18 του Παναθηναϊκού βρίσκεται στην 13η θέση στη γενική διαχρονική κατάταξη έχοντας κατακτήσει ένα κύπελλο
*Στο ανδρικό Futsal ο Παναθηναϊκός βρίσκεται στην 22η θέση μεταξύ 49 σωματείων διαχρονικά με κορυφαία στιγμή τον τερματισμό στην πρώτη τετράδα.
