Το τμήμα κολύμβησης του Παναθηναϊκού ιδρύθηκε για πρώτη φορά το 1925, ενώ το 1932 έχει έντονη δραστηριότητα σε πανελλήνιους αγώνες.
Η έλλειψη κολυμβητηρίου έφερε προσωρινή αδράνεια, ωστόσο, το τμήμα επανασυστάθηκε στις αρχές του 1940 και προσπάθησαν να το συντηρήσουν σε μία δύσκολη δεκαετία.
Το 1950 ξεκίνησε η κατασκευή κολυμβητηρίου στο γήπεδο της Λεωφόρου Αλεξάνδρας .
Το 1952 ο Παναθηναϊκός κατακτά το πρώτο του Πρωτάθλημα, επιτυχία που επαναλαμβάνει το 1953, το 1954, το 1955, το 1956, το 1957 και μαζί με το πρωτάθλημα που κατέκτησε το 1958 ισόβαθμος με το Παλαιό Φάληρο, συμπληρώνει τα 7 συνεχόμενα.
Μετά από μικρή παύση, ο Παναθηναϊκός επιστρέφει το 1964, το 1965 και το 1966. Το 1968 το Τριφύλλι κατέκτησε το τελευταίο του πρωτάθλημα.
Την 30ετία 1970-2000 ο Π.Α.Ο. θα αναδείξει αρκετούς πρωταθλητές και πρωταθλήτριες ενώ τη δεκαετία του ΄70ο Σύλλογος ήταν μέσα στην πρώτη πεντάδα συνολικά.
Μέχρι το 1990 ο Παναθηναϊκός κατέκτησε την 4η θέση και κατόπιν ήταν μέσα στην πρώτη 20αδα.
Το 2001 ο Παναθηναϊκός τερματίζει 10ος και το 2004 βρίσκεται στη 4η θέση μετά από χρόνια, ενώ το 2005 τερμάτισε 2ος.
Αξίζει να σημειωθεί ότι όλα αυτά τα χρόνια ο Π.Α.Ο. κατόρθωσε και ανέδειξε «δελφίνια» και σε διεθνές επίπεδο με σημαντικές επιτυχίες και μετάλλια καθώς και πανελλήνια ρεκόρ.
Καλύτερη χρονιά του τμήματος κολύμβησης θεωρείται το 1955 καθώς κατέκτησε το Πανελλήνιο πρωτάθλημα σε άνδρες-γυναίκες, το πρωτάθλημα κολυμβητικής ημερίδας της ΕΚΟΦ (Γενική Βαθμολογία) και τα 4 πρωταθλήμα (Α΄, Β΄, Γ΄Δ΄’) της κολυμβητικής ημερίδας της ΕΚΟΦ.
Το 13άρι της κολύμβησης του ΠΑΝΑΘΗΝΑΪΚΟΥ
1)Ζωή Δημοσχάκη
Δύο χρυσά μετάλλια σε σε πανευρωπαϊκό πρωτάθλημα νεανίδων στα 400μ. και στα 200μ.
2)Γιώργος Δεμέτης
Χρυσό μετάλλιο παγκόσμιο Μάστερς και χάλκινο μετάλλιο Μάστερς
3)Άννα Ντουντουνάκη
Χρυσό, Ασημένιο και χάλκινο μετάλλιο σε Πανευρωπαϊκό Πρωτάθλημα 100μ. πεταλούδα
4) Κέλυ Αραούζου
«Ασημένιο» μετάλλιο σε παγκόσμιο νεανίδων 1500μ.
5) Ρωμανός Αλυφαντής
«Ασημένιο» μετάλλιο πανευρωπαϊκό 25άρας 100μ. πρόσθιο
6)Νέρι Νιανγκουάρα
«Χάλκινο» μετάλλιο πανευρωπαϊκό γυναικών 100μ. ελεύθερο και 7η παγκόσμιο πρωτάθλημα
7) Γιάννης Μηλιδάκης
«Χάλκινο» μετάλλιο πανευρωπαϊκό νέων 200μ. πρόσθιο
8)Κριστιάν Γκολομέεβ
Χάλκινο μετάλλιο 25άρας πισίνας 4Χ50 Ελεύθερο Εθνική
9) Αναστασία Χριστοφόρου
«Χρυσή» Μεσογειονίκης 50μ. πρόσθιο
10) Νόρα Δράκου
Τρεις φορές «χάλκινη» Μεσογειονίκης 50μ. ύπτιο, 50μ. ελεύθερο και 4Χ100
11) Μαριάννα Λυμπερτά
«Χάλκινη» Μεσογειονίκης 1500μ. και πανελλήνια ρεκόρ και πρωταθλήτρια Ελλάδας
12) Μάρθα Μπερρή
«Χάλκινη» Μεσογειονίκης 4Χ100 και πέντε πανελλήνια ρεκόρ
13) Ζαμπία Μελαχροινού
«Χάλκινη» Μεσογειονίκης 4Χ100 και πανελλήνιο ρεκόρ
