Μια ακόμα καινοτομία του Συλλόγου ήταν η είσοδος του Μοντέρνου Πεντάθλου στον ελληνικό αθλητισμό το 1977.
Το «τριφύλλι» έγραψε ιστορία στο άθλημα καθώς έκανε το πρώτο οργανωμένο τμήμα Μοντέρνου Πεντάθλου και έπειτα ακολούθησαν οι υπόλοιποι σύλλογοι.
Ωστόσο στα πανελλήνια πρωταθλήματα συμμετείχαν κανονικά αθλητές και άλλων σωματείων , χωρίς να έχουν επίσημο τμήμα ακόμα.
Οι Επίσημοι Ομαδικοί Τίτλοι: 15
Άνδρες
2 Πρωταθλήματα Ελλάδας (Ομαδικό)
1980, 1987
1 Εαρινό Πρωτάθλημα Ελλάδας Τριάθλου (Ομαδικό)
1979
Έφηβοι – Παίδες
1 Πρωτάθλημα Ελλάδας Διάθλου (Ομαδικό)
1979
Έφηβοι
1 Πρωτάθλημα Ελλάδας Τριάθλου (Ομαδικό)
1978
Παίδες – Κορασίδες U17
2 Πρωταθλήματα Ελλάδας (Μικτή Σκυτάλη)
2023, 2024
1 Πρωτάθλημα Ελλάδας (Μικτή Σκυτάλη Triathle)
2025
1 Πρωτάθλημα Ελλάδας (Μικτή Σκυτάλη Laser Run)
2023
Παμπαίδες Α΄ – Παγκορασίδες Α΄ U15
3 Πρωταθλήματα Ελλάδας (Μικτή Σκυτάλη)
2021, 2022, 2023
Παμπαίδες Β΄ – Παγκορασίδες Β΄ U13
2 Πρωταθλήματα Ελλάδας (Μικτή Σκυτάλη)
2024, 2025
1 Πρωτάθλημα Ελλάδας (Μικτή Σκυτάλη Triathle)
2025
*Στους επίσημους τίτλους ο Παναθηναϊκός είναι δεύτερος μετά τον Πανελλήνιο
