Ο Παναθηναϊκός έχει αφήσει το δικό του αποτύπωμα στον ελληνικό αθλητισμό και διαχρονικά υπάρχουν σωματεία που φέρουν το όνομα του , το σήμα και τα χρώματα του, φτιαγμένες από «αιώνια πιστούς»
Στις 26 Αυγούστου 1993, μια παρέα παιδιών, «άρρωστων» παναθηναϊκών, δημιούργησε τη δική της ποδοσφαιρική ομάδα.
Συγκεκριμένα, ο σύνδεσμος «Χανιά Club Θύρα 13» ίδρυσε τον Παναθηναϊκό Χανίων, ή ορθότερα τον Ποδοσφαιρικό Αθλητικό Όμιλο Χανίων (ΠΑΟ Χανίων), που είχε για έμβλημα το τριφύλλι και –φυσικά– φορούσε πράσινα!
Ο εν λόγω σύνδεσμος ανέπτυξε μεγάλη δραστηριότητα στα Χανιά, ενώ η νεοσύστατη ομάδα αποτελούνταν αποκλειστικά από μέλη του Club! Σε κάθε παιχνίδι της, η ατμόσφαιρα θύμιζε Α΄ Εθνική, με τους φανατικούς οπαδούς του Τριφυλλιού να δημιουργούν φοβερή εξέδρα με καπνογόνα και συνθήματα. Μάλιστα, όσο υπήρχε και ο Ολυμπιακός Χανίων, στα μεταξύ τους παιχνίδια η κατάσταση παρέπεμπε σε ντέρμπι «αιωνίων», ενώ το ματς είχε τέτοια δημοτικότητα που τα τοπικά κανάλια το προέβαλαν σε ζωντανή μετάδοση.
Από το 1993 και για τα επόμενα οκτώ χρόνια, ο Παναθηναϊκός Χανίων συμμετείχε στη Γ΄ τοπική Κατηγορία. Για ένα διάστημα, ο όμιλος αδρανοποιήθηκε, ενώ το 2003 επέστρεψε δριμύτερος και πανηγύρισε τη μεγαλύτερη επιτυχία του: την κατάκτηση του πρωταθλήματος της περιόδου 2003-04 (την ίδια χρονιά που ο Παναθηναϊκός πήρε το νταμπλ) και την άνοδο στη Β΄ Κατηγορία.
Επιθετικός της ομάδας ήταν ο Χρήστος Ιντζές, ο οποίος, με τον δυναμισμό που τον χαρακτηρίζει… μάτωνε τα αντίπαλα δίχτυα σε τακτική βάση. Την επόμενη σεζόν, το κλαμπ κυνηγήθηκε λυσσαλέα από τις τοπικές αρχές και απ’ τη διαιτησία, κατατάχθηκε 14ο και υποβιβάστηκε.
Τα χρόνια που ακολούθησαν, συγχωνεύτηκε με τον Ελευθέριο Βενιζέλο, ο οποίος σήμερα συμμετέχει κι αυτός στο τοπικό Πρωτάθλημα των Χανίων. Από τη συγχώνευση προέκυψε ο ΠΑΟ Ελευθέριος Βενιζέλος, με ιθύνοντα νου τον Γεώργιο Κουρκούτη.
Ιδρυτής της ομάδας ήταν ο Γιώργος Ζαγουράκης, ενώ το πρώτο διοικητικό συμβούλιο απάρτιζαν οι Αρτέμης Ζαγουράκης, Αντώνης Τσαγράκης (πρόεδρος στον σύνδεσμο του Παναθηναϊκού), Αργυρώ Αντωνοβαρδάκη, Νεκτάριος Δρακάκης, Ιωάννης Σπυριδάκης, Πέτρος Ζησάκης και Κώστας Περάκης.
Τέλος, αξίζει να σημειωθεί ότι ο σύλλογος είχε βοήθεια και από τον επίσημο Παναθηναϊκό, ο οποίος φρόντιζε συχνά πυκνά να στέλνει ποδοσφαιρικό εξοπλισμό στην κρητική ομάδα.
