Ο Παναθηναϊκός έχει αφήσει το δικό του αποτύπωμα στον ελληνικό αθλητισμό και διαχρονικά υπάρχουν σωματεία που φέρουν το όνομα του , το σήμα και τα χρώματα του, φτιαγμένες από «αιώνια πιστούς».
Ανέκαθεν η Σύρος ήταν ένα νησί όπου κυριαρχούσε το παναθηναϊκό φρόνημα. Έτσι, το 1955, χρονιά που ο Σύλλογος Μεγάλος κατέκτησε για πρώτη φορά μεταπολεμικά το πρωτάθλημα στίβου (επιτυχία που εκείνα τα χρόνια μονοπώλησε το ενδιαφέρον των φιλάθλων), οι «αιώνια πιστοί» αποφάσισαν να δημιουργήσουν τον δικό τους αθλητικό σωματείο, τον Παναθηναϊκό Σύρου.
Ο Τύπος της εποχής κατέγραψε δύο σημαντικές ποδοσφαιρικές νίκες του συλλόγου: Ο Παναθηναϊκός Σύρου αναδείχτηκε Κυπελλούχος στο νησί, επι κρατώντας στον τελικό με αντίπαλο τον Αετό Πευκακίων.
Η αναμέτρηση ήταν ένας μονόλογος για το τοπικό Τριφύλλι καθώς επιβλήθηκε με 5-0 και κατέκτησε το τρόπαιο. Αξιοσημείωτα ήταν τα πανηγύρια που σημειώθηκαν από τους πολυπληθείς οπαδούς του Παναθηναϊκού που στήριζαν φανατικά την ομάδα.
Η ενδεκάδα εκείνης της περιόδου αποτελούνταν από τους εξής ποδοσφαιριστές: Θεοδώρου, Σικούτρης, Μαλατέστας Ι, Γκισγκίνης, Καλογιάννης, Μουστάκας, Δαλμηράς, Κάφιος, Χαρμούτης, Κικελής και Μαλατέστας ΙΙ.
Η δεύτερη επιτυχία της ομάδας σημειώθηκε πάλι κόντρα στον ίδιο αντίπαλο, όταν και τον νίκησε με 6-2! Σε αυτόν τον αγώνα νέα πρόσωπα ήταν οι Γκίνης, Καλογεράκης, Παύλου, Σκουντής, Μάρας και Κριαράς.
Λίγα χρόνια αργότερα οι Συριανοί οπαδοί πρωτοστάτησαν, με τη δημιουργία του πρώτου επαρχιακού συνδέσμου του Παναθηναϊκού (1960), που αποτέλεσε εξέλιξη της συγκεκριμένης ποδοσφαιρικής ομάδας. Ο Παναθηναϊκός Σύρου επανήλθε με τη μορφή ακαδημίας το 2016 και είναι πλέον επίσημο μέλος της ΕΠΣ Κυκλάδων.
