Το μέγεθος του Παναθηναϊκού είναι τεράστιο και στην Κύπρο με πλήθος από ομάδες που φέρουν την ονομασία του.
Τη χρονιά που ο Σύλλογος Μεγάλος γιόρτασε το πρώτο του ευρωπαϊκό τρόπαιο, το 1996, στη Mεγαλόνησο «γεννήθηκε» ο Παναθηναϊκός Κύπρου με έδρα τη Λεμεσό. Επρόκειτο για μια ομάδα που τάραξε τα μπασκετικά νερά, καθώς σημείωσε πολλές επιτυχίες και αγωνίστηκε τρεις περιόδους στο Κύπελλο Κόρατς.
Ο Παναθηναϊκός αγωνιζόταν στο κλειστό Παύλος Γιαννακόπουλος, 2.500 θέσεων. Εγκαινιάστηκε τον Μάιο του 1998 οταν ο Παύλος Γιαννακόπουλος ταξίδεψε στην Κύπρο και παρέστη στην θεμελίωση του νέου κλειστού γηπέδου που θα χρησίμευε ως έδρα ο συλλογος στα Κάτω Πολεμίδια της Λεμεσού. Ο πρώτος αγώνας ήταν το 1998 ανάμεσα στον Παναθηναϊκό Λεμεσού και τον Παναθηναϊκό που παρουσιάστηκε με όλα του τα αστέρια.
Επιπλέον το 2000 έφτασε μέχρι και τον τελικό του Κυπέλλου Κύπρου. Αξίζει να σημειωθεί ότι το κλειστό γυμναστήριο της ομάδας εκείνης εγκαινιάστηκε φέροντας την ονομασία «Παύλος Γιαννακόπουλος», ως ένδειξη σεβασμού προς τον σπουδαίο παράγοντα του Παναθηναϊκού, από τον πρόεδρο της ομάδας Γ. Φραντζή. Τη φανέλα του Τριφυλλιού της Λεμεσού φόρεσαν αρκετοί γνωστοί παίκτες, όπως ο «δικός μας» Μέλβιν Τσίτουμ.
