Ο Παναθηναϊκός έχει αφήσει το δικό του αποτύπωμα στον ελληνικό αθλητισμό και διαχρονικά υπάρχουν σωματεία που φέρουν το όνομα του , το σήμα και τα χρώματα του, φτιαγμένες από «αιώνια πιστούς»
Το 1952, η «τρελή πράσινη παρέα» από το Ορφανοτροφείο της Κομοτηνής έκανε αισθητή την παρουσία της με τη δημιουργία του τοπικού Παναθηναϊκού.
Η ομάδα βασιζόταν κυρίως στους εξής επίδοξους «λεβέντες με καρδιά»: Σιδηρόπουλος, Μπαλγουρατίδης, Χριστοφίδης, Θεοδωράκος, Βαρνάς, Σεϊτανίδης, Καραπαυλίδης, Σκαμνάκης, Κωνσταντινίδης και Κατελάνος.
Αξιοσημείωτος ήταν ένας αγώνας που είχε δώσει ο Παναθηναϊκός Κομοτηνής κόντρα στον αντίστοιχο Ολυμπιακό, τον οποίο και νίκησε με 3-1, κρατώντας την πράσινη σημαία ψηλότερα απ’ όλες τις άλλες στην περιοχή. Για τον αγώνα εκείνο έγραψε και η «Αθλητική Ηχώ», προσδίδοντας ακόμα μεγαλύτερη έμφαση στη νίκη του Τριφυλλιού.
Η συγκεκριμένη προσπάθεια δεν μακροημέρευσε, καθώς η εποχή ήταν δύσκολη και ήταν αδύνατον για τους πιτσιρικάδες να συντηρήσουν οικονομικά τον Παναθηναϊκό. Παρ’ όλα αυτά, πολλές δεκαετίες αργότερα, ένας άλλος Παναθηναϊκός Κομοτηνής ήρθε να δώσει συνέχεια στον παλαιότερο. Συγκεκριμένα ο Παναθηναϊκός Κομοτηνής ανασυστάθηκε το 2014 σε επίπεδο ακαδημιών και ανήκει στο επίσημο δίκτυο των φυτωρίων του Τριφυλλιού. Η έδρα της ομάδας βρίσκεται στο αθλητικό κέντρο Mundialito FC και υπεύθυνος είναι ο Χρήστος Αποστολίδης.
