Ο Παναθηναϊκός έχει αφήσει το δικό του αποτύπωμα στον ελληνικό αθλητισμό και διαχρονικά υπάρχουν σωματεία που φέρουν το όνομα του , το σήμα και τα χρώματα του, φτιαγμένες από «αιώνια πιστούς»
Στα τέλη της δεκαετίας του 2000 ιδρύθηκε η ακαδημία Panathinaikos Soccer Schools. Το 2015, ως προέκταση αυτής της προσπάθειας, δημιουργήθηκε από τα ίδια πρόσωπα ο Παναθηναϊκός Κεφαλονιάς, με σκοπό να αγωνίζονται σε αυτόν οι νεαροί αθλητές που προέρχονται από τα μικρά κλιμάκια της ακαδημίας.
Ο μέσος όρος ηλικίας της ομάδας είναι χαμηλός και ο στόχος είναι οι επίδοξοι άσοι να μαθαίνουν πώς να συμπεριφέρονται σε μεγάλο γήπεδο κόντρα σε μεγαλύτερες ηλικίες. Πρόεδρος της ομάδας ήταν στο παρελθόν ο Γιάννης Τζωρτζάτος και πλέον είναι η Λαμπρινή Μπαλτσαβιά, ενώ ενεργό μέλος του συλλόγου είναι ο γνωστός ψυχολόγος Δημήτρης Πετρούνιας.
Η ψυχή και η καρδιά της ομάδας είναι ο προπονητής Τάκης Φωής που επιμελείται της ομάδας και των ακαδημιών.
Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι υπάρχει και γυναικείο τμήμα δια φόρων ηλικιών. Επιπλέον δύο από τα εκλεκτά στελέχη της ποδοσφαιρικής ομάδας του Παναθηναϊκού Κεφαλονιάς είναι ο Λευτέρης και η Μαριλένα Καλαφάτη, απόγονοι του ιδρυτή του Μεγάλου Συλλόγου στην Αθήνα, Γιώργου Καλαφάτη.
Η «τρίφυλλη παράνοια» είναι μεγάλη στο νησί και είναι χαρακτηριστικό ότι ο Παναθηναϊκός Κεφαλονιάς στηρίζεται από τους «αιώνια πιστούς» που κατοικούν εκεί, οργανωμένους και μη. Μάλιστα, ο Παναθηναϊκός Κεφαλονιάς και η ακαδημία έχουν υπο δεχτεί με τον καλύτερο και θερμότερο τρόπο αρκετές φορές παλαίμαχους ποδοσφαιριστές (Τότη Φυλακούρη, Γιάννη Καλιτζάκη, Γιώργο Καπουράνη, Δημήτρη Μάρκο κ.ά.) του Τριφυλλιού καθώς και την ανδρική ομάδα πόλο του Ομίλου.
Από την αγωνιστική σεζόν 2019-2020, η ομάδα αγωνίζεται στην Α΄ Κατηγορία Κεφαλονιάς και έχει πλαισιωθεί από γνωστούς «λεβέντες με καρδιά» του νησιού όπως ήταν οι Λεωνίδας Βανδώρος, Μάκης Κατσούρης και άλλοι. Επιπλέον ξεχωρίζει η περίπτωση του Πολωνού Σεμπάστιαν Χρούτσιελ που αγωνίστηκε σε ομάδες όπως ο Ατρόμητος Αθηνών, ο Ηρακλής και ο Πανιώνιος. Αξίζει να σημειωθεί ότι στα γενέθλια του Μεγάλου Συλλόγου, στις 3 Φεβρουαρίου 2020, η ομάδα του Παναθηναϊκού Κεφαλονιάς πήγε στο πατρικό του ιδρυτή του Τριφυλλιού, Γιώργου Καλαφάτη, και έδωσε το έναυσμα των εορτασμών σε όλη την Ελλάδα. Έκτοτε κάθε επισκέπτης της ομάδας εξ Αθηνών επισκέπτεται την οικία του ιδρυτή.
