Ο Παναθηναϊκός έχει αφήσει το δικό του αποτύπωμα στον ελληνικό αθλητισμό ακόμα και σε ομάδες που δεν έχουν τα χρώματα ή το σήμα του.

Πολύ στενή σχέση με τον Παναθηναϊκό είχε  ο Πήγασος Ιωαννίνων, ο οποίος για κάποια χρόνια τίμησε την ένδοξη φανέλα του Τριφυλλιού σε επίπεδο ακαδημιών. Αξιοσημείωτη ήταν η κίνηση του γιαννιώτικου σωματείου, το 2016, όταν διοργάνωσε, σε συνεργασία με την «πράσινη» ΠΑΕ, τουρνουά για τη σωτηρία ενός βρέφους έξι μηνών, προκειμένου να μεταφερθεί το ταχύτερο δυνατόν σε εξειδικευμένο κέντρο του εξωτερικού